คอลลาเจนเป็นโปรตีนโมเลกุลขนาดใหญ่ชนิดหนึ่งที่มีหลายชนิดและแหล่งที่มาตามปัจจัยต่างๆ เช่น แหล่งที่มา วิธีการประมวลผล และเนื้อหาส่วนประกอบ วิธีการจำแนกประเภทที่ใช้กันทั่วไปมีดังนี้:

1. จำแนกตามแหล่งที่มา ได้แก่ คอลลาเจนจากสัตว์ คอลลาเจนจากพืช เห็ดรา และคอลลาเจนจากทะเล

2. จำแนกตามลักษณะ เช่น คอลลาเจนประเภท I และประเภท III เป็นสองประเภทที่พบบ่อยที่สุดอยู่ในร่างกายมนุษย์คอลลาเจน Type II ส่วนใหญ่กระจายอยู่ในกระดูกอ่อนและโครงสร้างตา และมีคุณค่าทางชีวการแพทย์พิเศษคอลลาเจน Type IV เป็นส่วนประกอบหลักของเมมเบรนชั้นใต้ดิน

3. จำแนกตามขั้นตอนการเตรียม: คอลลาเจนผิวปลาไฮโดรไลซ์, คอลลาเจนผิวปลาที่ไม่ไฮโดรไลซ์, คอลลาเจนเกล็ดปลา ฯลฯ

4. จำแนกตามคุณสมบัติและหน้าที่ทางกายภาพและเคมี เช่น รูปแบบตามธรรมชาติ ระดับของการไฮโดรไลซิส น้ำหนักโมเลกุล ความหนาแน่นของประจุ ความเสถียร และความบริสุทธิ์